De raad van bestuur bestaat uit 18 bestuurders en twee waarnemers en is industrie gedreven. Hiervan zijn er 16 bestuurders afgevaardigd uit bedrijven van de Vlaamse voedingsindustrie. De andere twee bestuurders zijn afgevaardigd vanuit de Vlaamse universiteiten. De bestuurders nemen deze taak vrijwillig en onbetaald op.
De raad van bestuur komt drie keer samen per kalenderjaar. De raad van bestuur bespreekt alle aspecten van de organisatie. Ze neemt beslissingen en/of legt deze voor aan de algemene vergadering en/of delegeert bevoegdheden naar de algemeen directeur.